В 1995 назначен заместителем министра экономики РФ по вопросам аграрного сектора.
Занимал пост заместителя министра экономики до его упразднения в мае 2000 года (фактически оставался в министерстве, преобразованном в Министерство экономического развития и торговли ещё несколько месяцев).

С января 2001 по апрель 2004 занимал должность представителя администрации Костромской области в Совете федерации. В Совете Федерации возглавлял Комитет по аграрно-продовольственной политике, входил в состав Комиссии по контролю за обеспечением деятельности Совета Федерации, Комиссии по информационной политике.

С февраля 2004 по сентябрь 2005 — секретарь по электоральной и информационной политике Федерального политического совета Союза правых сил — один из пяти секретарей, составлявших коллективное руководство СПС после его поражения на парламентских выборах. Претендовал на единоличное лидерство, но на съезде 28 мая 2005 его кандидатура не получила большинства голосов. В сентябре 2005 секретарский пост, который он продолжал занимать, был ликвидирован — в основном потому, что Стариков резко противопоставил себя линии СПС и «перестал работать на партию».

В сентябре 2005 создал инициативную группу по выдвижению М. Б. Ходорковского в депутаты Госдумы. Возглавлял данную инициативную группу до вступления в силу обвинительного приговора суда в отношении Ходорковского (что закрывало для Ходорковского возможность баллотироваться в органы государственной власти).

В декабре 2005 объявил о поддержке кандидатуры М. М. Касьянова как лидера демократической оппозиции, оставил должность члена Федерального политического совета СПС и вышел из партии.
На Президентских выборах 2012 года был доверенным лицом кандидата в Президенты Михаила Прохорова как «единственного демократического кандидата». В октябре 2012 года Иван Стариков баллотировался в Координационный совет оппозиции, выборы проиграл.